C++ :

#include <iostream>
#include <algorithm>
using namespace std;
const int N(103);
int f[N][N]={0},ACGT[6][6]={0},g[2][N]={0};
int main()
{
    for(int i=1;i<=5;i++)
        switch (i)
        {
            case 1: for(int j=1;j<=5;j++){int temp[6]={0,5,-1,-2,-1,-3};ACGT[i][j]=temp[j];}break;
            case 2: for(int j=1;j<=5;j++){int temp[6]={0,-1,5,-3,-2,-4};ACGT[i][j]=temp[j];}break;
            case 3: for(int j=1;j<=5;j++){int temp[6]={0,-2,-3,5,-2,-2};ACGT[i][j]=temp[j];}break;
            case 4: for(int j=1;j<=5;j++){int temp[6]={0,-1,-2,-2,5,-1};ACGT[i][j]=temp[j];}break;
            case 5: for(int j=1;j<=5;j++){int temp[6]={0,-3,-4,-2,-1,0};ACGT[i][j]=temp[j];}break;
        }
    int x(0);char y;
    int l1,l2;
    for(int i=0;i<2;i++)
    {
        cin>>x;
        if(i==0) l1=x;
        else l2=x;
        for(int j=1;j<=x;j++)
        {
            cin>>y;
            switch(y)
            {
                case 'A': g[i][j]=1;break;
                case 'C': g[i][j]=2;break;
                case 'G': g[i][j]=3;break;
                case 'T': g[i][j]=4;break;
            }
        }
    }
    for(int i=1;i<=l1;i++) f[i][0]=f[i-1][0]+ACGT[g[0][i]][5];
    for(int i=1;i<=l2;i++) f[0][i]=f[0][i-1]+ACGT[5][g[1][i]];
    for(int i=1;i<=l1;i++)
        for(int j=1;j<=l2;j++)
        {
            int x(g[0][i]),y(g[1][j]);
            f[i][j]=-100000;
            f[i][j]=max(f[i][j],f[i-1][j-1]+ACGT[x][y]);
            f[i][j]=max(f[i][j],f[i-1][j-1]+ACGT[x][5]+ACGT[y][5]);
            f[i][j]=max(f[i][j],f[i-1][j]+ACGT[x][5]);
            f[i][j]=max(f[i][j],f[i][j-1]+ACGT[y][5]);
        }
    cout<<f[l1][l2]<<endl;
    return 0;
}